ژنتیک کمی تنها به اثر عمیق ژن‌ها توجه دارد و این امر باعث ایجاد تفاوت‌هایی بین افراد می‌گردد و همچنین ژنتیک کمی به بررسی در خصوص ژن‌های کوچک اثر می‌پردازد که با استفاده از روش‌های آماری مبتنی بر رکوردها و مشاهدات به بررسی ارزش اصلاحی افراد مختلف پرداخته که این امر بسیار پرهزینه و زمان‌بر می‌باشد.