بررسی جمعیت میکروبی، میکروبایوتا (microbiota) که در دستگاه گوارش مرغ به‌سر می‌برد به‌سبب تفاوت‌های بالایی که میان گله‌ها وجود دارد دشوار بوده است.
میکروبایوتای دستگاه گوارش به‌عنوان یک عضو اصلی که نقش اساسی در حفظ سلامتی میزبان (مرغ) دارد، پذیرفته شده است. این جمعیت میکروبی، فعالیت‌های تغذیه‌ای، متابولیسمی و ایمنی میزبان را تقویت می‌کند.