سیستم فیلتراسیون یکی از مهمترین مسائلی است که در آکواریوم گیاهی باید به آن توجه کرد. یک سیستم فیلتراسیون مناسب میتواند مواد زائد موجود در آب را حذف کند یا آنها را به ترکیبات غیرسمی تبدیل کند.