شتر مرغ ماده معمولاً بین ساعت 4 تا 7 بعد از ظهر تخمگذاری میکند. بلافاصله بعد از تخم گذاری بایستی تخمها توسط کارگر جمع آوری شده و به محل جوجهکشی منتقل شوند.
شترمرغ نیز مانند حیوانات دیگر در معرض بیماریها و عفونتهای مختلفی میباشد.